Facture électronique : ce qui change pour une clinique vétérinaire en 2026 et 2027

Qu’est-ce qui change, et quand ?

La réforme se fait en deux temps, et la taille de l’entreprise décide de la date d’émission. La quasi-totalité des cliniques vétérinaires sont des PME ou des micro-entreprises : pour elles, le calendrier est le suivant.

Date	Ce que la clinique doit faire
1er septembre 2026	Recevoir ses factures fournisseurs sous forme électronique (centrales d’achat, laboratoires, prestataires), via une plateforme agréée choisie par la clinique.
1er septembre 2027	Émettre en facture électronique les actes facturés à des professionnels, et transmettre en e-reporting les opérations avec les particuliers et les encaissements.

Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire émettent depuis le 1er septembre 2026. Selon la FAQ de la DGFiP, la taille s’apprécie par unité légale (SIREN) : une clinique rattachée à un groupe reste a priori une PME si sa propre société en est une. C’est à vérifier avec son expert-comptable.

Quelles factures d’une clinique deviennent électroniques ?

Tout dépend du client :

• Un professionnel assujetti (éleveur, entreprise, autre clinique) : la facture est émise sous forme électronique, au format structuré, et transite par les plateformes agréées, à partir du 1er septembre 2027.
• Un particulier (le propriétaire d’un chien ou d’un chat) : la facture reste une facture classique ; la clinique transmet à l’administration le total quotidien de ces opérations (e-reporting des transactions).
• Un organisme public (commune pour la fourrière ou les animaux errants, école, administration) : la facture passe par Chorus Pro, qui reste la plateforme du secteur public. Le dépôt direct par un fournisseur cesse au plus tard le 1er septembre 2027 ; il se fera ensuite par une plateforme agréée.

Comme les actes vétérinaires sont des prestations de services, la clinique transmet aussi les données de paiement de ces prestations (e-reporting des encaissements), sauf si elle a opté pour le paiement de la TVA d’après les débits.

Qu’est-ce qu’une plateforme agréée ?

Une plateforme agréée est un opérateur immatriculé par l’administration fiscale, pour trois ans renouvelables, par lequel une entreprise émet et reçoit ses factures électroniques et transmet ses données d’e-reporting. L’administration en recense une centaine ; la liste est publiée sur impots.gouv.fr. L’ancien terme de « PDP » est abandonné.

Le portail public de facturation sert d’annuaire : il permet de savoir par quelle plateforme joindre une entreprise. Il ne remplace pas une plateforme agréée.

Quelles sanctions ?

La loi de finances pour 2026 a relevé les amendes :

• 50 € par facture qui aurait dû être émise sous forme électronique et ne l’a pas été ;
• 500 € par transmission d’e-reporting manquée ;
• dans la limite de 15 000 € par an pour chacune de ces deux amendes ;
• aucune sanction pour une première infraction réparée spontanément ou dans les 30 jours suivant une demande de l’administration.

Ne pas avoir choisi de plateforme de réception expose, après mise en demeure, à une amende de 500 €, puis de 1 000 € par période de trois mois.

Que faire dès maintenant ?

1. Choisir sa plateforme agréée de réception, si ce n’est pas fait : l’obligation court depuis le 1er septembre 2026.
2. Repérer ses clients professionnels (éleveurs, entreprises, confrères, collectivités) et vérifier que leur SIREN est bien renseigné dans le logiciel de la clinique : il est indispensable pour adresser une facture électronique.
3. Demander à son éditeur de logiciel comment il émettra les factures électroniques et transmettra l’e-reporting avant le 1er septembre 2027, et par quelle plateforme agréée.
4. Faire le point avec son expert-comptable sur la taille de la société et sur l’option pour la TVA d’après les débits, qui change les données de paiement à transmettre.